Polimeraz zincir reaksiyonunun (PCR) kullanıldığı çalışmalarda optimizasyon önemlidir. Touchdown PCR (TDPCR), optimizasyonda farklı bir yaklaşımı temsil etmektedir ve optimizasyon primerlerin annealing (yapışma) ısısı üzerine odaklanmaktadır. Annealing ısısı, tek bir siklusun seyri süresince, ardışık olarak azalarak düzenlenmektedir. Çalışmamızda, 97 kronik karaciğer hastasında, hepatit G virusu'nun (HGV) 5'-non-coding bölge (5'-NCR) ve nonstrüktürel- 5a (NS5a) kodlayıcı genom bölgelerine yönelik primerler kullanılarak reverse transcriptase PCR (RTPCR) yöntemi ile serumda HGV-RNA varlığı araştırılmıştır. NS5a bölgesine yönelik iki primerin erime (Tm) dereceleri birbirinden çok farklı olduğu için çok sayıda nonspesifik band oluşmuştur. Bunun üzerine touchdown PCR (TD-PCR) tekniği kullanılarak testler tekrarlanmış, nonspesifik bandların oldukça azaldığı veya kaybolduğu ve istenilen ürünlere ait bandların daha belirgin olduğu gözlenmiştir.

Termal cycler programında TD-PCR tekniğinin kullanılması ürün verimini ve özgüllüğünü arttırmaktadır.