Ana Sayfa | Dergi Hakkında | Yayın Kurulu | Telif Hakkı Devir Formu | İçindekiler | Arşiv | Yayın Arama | Yazarlara Bilgi | İletişim  
2017, Cilt 47, Sayı 3, Sayfa(lar) 114-124
[ Özet ] [ PDF ] [ Benzer Makaleler ] [ Yazara E-Posta ] [ Editöre E-Posta ]
Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi
Hatice ERDEM1, Sidre ERGANİŞ1, Ebru EVREN2, Fatma Nur AKSAKAL3, Kayhan ÇAĞLAR1, Ayşe KALKANCI1
1Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara
2Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara
3Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Halk Sağlığı Anabilim Dalı, Ankara
Anahtar Kelimeler: Candida, ID32C, dizi analizi, MALDI-TOF, mısır unu-tween 80 agar, PhoenixTM, tür tanımı
Özet
Amaç: İnsanlarda en sık hastalık etkeni olan Candida cinsi mayaların tür düzeyinde tanımlanmaları tedavi seçeneklerini değiştirdiği için büyük önem taşımaktadır. Klasik tanı yöntemlerini kullanmak açısından yetersiz olan laboratuvarların birçoğu ticari tanımlama sistemlerine başvurmaktadır. Ancak, ticari sistemlerin “doğrulukları” çeşitli karşılaştırmalı çalışmalarda değişkenlik göstermektedir. Bu çalışmada Candida türlerinin tanımlanmasında kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması amaçlanmıştır.

Gereç ve Yöntem: 2015 Haziran - 2016 Haziran tarihleri arasında Gazi Üniversitesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda tür düzeyinde tanımlanan 276 Candida cinsi mayanın dağılımları incelenmiş, bir yıllık dağılımı doğru temsil edecek şekilde tabakalı örnekleme yöntemine göre 72 köken seçilmiştir. Klasik tanımlama yöntemleri olan mısır unu-tween 80 agarda morfoloji ve ID32C maya tanımlama yöntemine ek olarak MALDI-TOF yöntemi sonuçları karşılaştırılmıştır. Kökenlerin 27’si için altın standart yöntem olarak rRNA gen bölgesi ITS genleri dizi analizi ve PhoenixTM yöntemi uygulanarak ikinci bir karşılaştırma yapılmıştır.

Bulgular: Tür tanımlamasında altın standart yöntem olarak ID32C yöntemi kabul edildiğinde, 41 kökenin (%56) her üç yöntemle de doğru olarak tanımlandığı görülmüştür. Kalan 31 kökenin ise (%44) en az bir yöntem ile hatalı tanımlandığı anlaşılmıştır. Dizi analizi ve PhoenixTM ile yeniden tanımlanan 27 kökenden 14 tanesinin (%52) PhoenixTM sistemi ile, 16 tanesinin (%59) mısır unu-tween 80 agarda morfoloji yöntemi ile, 22 tanesinin (%81) MALDI-TOF ile, 21 tanesinin (%78) ID32C yöntemi ile doğru tanımlandığı hesaplanmıştır.

Sonuç: Rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında MALDI-TOF yönteminin hızlı ve güvenilir sonuç verdiği, maliyeti göz önüne alındığında ise, Candida cinsi mayaların tür düzeyinde tanınmasında en güvenilir yöntemin karbonhidrat asimilasyonuna dayalı ID32C yöntemi olduğu, diğer tanımlama yöntemlerinin ise %52 ve %59 doğrulukta tanımlama yapabildiği hesaplanmıştır.

  • Başa Dön
  • Özet
  • [ Başa Dön ] [ Özet ] [ PDF ] [ Benzer Makaleler ] [ Yazara E-Posta ] [ Editöre E-Posta ]
    Ana Sayfa | Dergi Hakkında | Yayın Kurulu | Telif Hakkı Devir Formu | İçindekiler | Arşiv | Yayın Arama | Yazarlara Bilgi | İletişim