Ana Sayfa | Dergi Hakkında | Yayın Kurulu | Telif Hakkı Devir Formu | İçindekiler | Arşiv | Yayın Arama | Yazarlara Bilgi | İletişim  
2021, Cilt 51, Sayı 4, Sayfa(lar) 415-420
[ İngilizce Özet ] [ PDF ] [ Benzer Makaleler ]
Salgınlarla İlişkili STEC Suşlarının Filogeni ve Virülans Genlerinin in silico Analizi
Mehmet Demirci1, Akın Yiğin2, Fadile Yıldız Zeyrek3
1Kırklareli Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Kırklareli, Türkiye
2Harran Üniversitesi Veteriner Fakültesi, Genetik Anabilim Dalı, Şanlıurfa, Türkiye
3Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Şanlıurfa, Türkiye
Anahtar Sözcükler: STEC, O157: H7, in silico analiz, virülans genleri

Amaç: Shiga toksin üreten E. coli (STEC) suşlarını önemli bir gıda kaynaklı patojendir. Coğrafya, zaman veya kaynak farklı olsa bile STEC suşları ile önemli salgınlarla karşılaşılabilmektedir. Biz de bu nedenle çalışmamızda, dünyanın farklı bölgelerinde önemli salgınlarda etken olarak saptanan ve genomik verileri açık veri tabanlarında bulunan EDL933 ve Sakai gibi STEC kökenlerini karşılaştırarak hangi virulans faktörlerini kullandıklarını ve bu kökenlerin birbirleri ile olan benzerliklerini in silico olarak karşılaştırmayı amaçladık.

Yöntem: Çalışmamıza farklı zamanlarda, dünyanın farklı bölgelerinde önemli salgınlar yapan yedi farklı SYEC suşu ve inek dışkısından elde edilen bir süper bulaştırıcı kökene ait olmak üzere toplam sekiz suşun genomik verileri dâhil edildi. Kökenlere ait veriler NCBI veri tabanından indirildi. Filogeni analizi ve virulans gen analizleri sırasıyla CSI filogeni ve VFanalyzer online programlarıyla yapıldı.

Bulgular: Filogeni analizine göre EDL933 suşuna en benzer suş, %96.4 benzerlikle TW14588 suşuydu. En az benzeyen köken ise %79.15 benzerlikle Sakai kökeni olarak saptandı. Virulans genleri analizine göre ise dokuz başlık altında virülans faktörlerini meydana getiren 333 gene varlığı belirlendi. İlk STEC suşu EDL933’de, tüm virülans genlerinden %45’inin aktif olduğu saptandı. Stx genleri dışında tüm kökenlerde Ecp, Elf, Hcp gibi aderans genleri ve clyA gibi toksin genleri aktifti olduğu görüldü.

Sonuç: Çalışmamızda, salgınlarla ilişkili STEC kökenlerinin karşılaştırmalı genomik analizlerinde, stx geni dışında farklı virülans genlerini de kullandığı in silico olarak saptandı. Özellikle belli virülans genleri; kaynağı, zamanı ve lokasyonu farklı olsa da kullanması gereken genler olarak ön plana çıkmakta ve patogenezde bu genleri kullanmaktadır.


[ İngilizce Özet ] [ PDF ] [ Benzer Makaleler ]
Ana Sayfa | Dergi Hakkında | Yayın Kurulu | Telif Hakkı Devir Formu | İçindekiler | Arşiv | Yayın Arama | Yazarlara Bilgi | İletişim